La separación de los compartimentos celulares es un paso crítico para el estudio de las diferentes estructuras intracelulares, orgánulos específicos, o para investigar posibles asociaciones entre estas estructuras con ácidos nucleicos o proteinas.El  fraccionamiento subcelular es un conjunto de métodos y técnicas básicas de laboratorio, donde tras la homogenización, se separan las partículas, generalmente células u orgánulos celulares, en función de sus propiedades biofísicas, tales como la densidad de flotación, densidad de carga superficial, forma y tamaño.

El fraccionamiento subcelular tiene como objetivo obtener fracciones puras o enriquecidas en un determinado compartimento celular. Dicha separación se lleva a cabo empleando diversos protocolos de centrifugación donde variables como fuerza centrífuga y tiempo determinarán la obtención óptima de diferentes fracciones de interés.